После подключения к FTP Вы увидите следующие папки: bin-tmp, email, etc, logs, php-bin, www. Для того, чтобы загрузить файлы Вашего сайта на хостинг, зайдите в папку www, в которой Вы увидите папку с названием Вашего доменного имени. После чего зайдите в папку с именем домена, удалите файл index.html и заливайте Ваш сайт.

Хотим обратить Ваше внимание на то, что папки cgi-bin и webstat удалять не нужно.